7500万美元！明星风投公司Flagship又有大动作，数万新型蛋白质已被发现...

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Flagship是美国风投界的“神话”，其以超高的投资成功率和特殊的投资模式而备受关注。目前已经培育孵化超过100家生命科技公司，其中超过20家成功上市，另有30余家通过收购/并购形式继续发展。

7500万美元！明星风投公司Flagship又有大动作，数万新型蛋白质已被发现...

2020年，在由Bay Bridge Bio进行的最佳顶级生物科技风险投资基金评选中，Flagship Pioneering以接近30亿美元的投资回报成绩位居“以IPO退出获利最多的风险投资公司”榜首的位置，领先第二名超过40%。其最成功的案例莫过于“生物科技IPO之王”——Moderna的孵化与上市。

Flagship能成为最成功的投资公司之一，恰恰是因为其并非“纯粹”的投资公司，而是将学术界、产业界、资本三方连接起来，将自己变成了一家“完全整合的生命科学创新企业”。

斥资7500万美元孵化新公司

7500万美元！明星风投公司Flagship又有大动作，数万新型蛋白质已被发现...

作为一家明星投资公司，Flagship的一举一动都受到了密切关注。

近日，Flagship又宣布，将斥资7500万美元推出一家新公司——ProFound Therapeutics，这是一家平台型技术公司，致力于通过通过新的人类蛋白质，发现新的靶点，开发新的药物。

迄今为止，研究人员已经利用该平台发现了数以万计的新型蛋白质。该公司认为，这些发现将有利于重新构建人类基因组格局，并将扩大潜在治疗靶点的数量。

ProFound公司首席执行官Avak Kahvejian博士表示，公司将优先投资其平台和潜在效益能够被验证的临床前工作。他预计，公司规模将在未来一年扩大数倍，从目前的25名员工增至约100名。

7500万美元！明星风投公司Flagship又有大动作，数万新型蛋白质已被发现...

Avak Kahvejian博士

Kahvejian在Flagship担任长达10年的管理合伙人和普通合伙人，也曾担任多家初创公司的首席执行官，其中包括Laronde、Cellarity、Ring Therapeutics、Generate Biomedicines、Cygnal Therapeutics和Rubius Therapeutics。

他把许多Flagship公司的同事带进了领导团队，例如让Kala Subramanian担任总裁，Erica Weinstein担任研究主管，Vini Mani担任平台主管。

什么是蛋白质宝库？

蛋白质是构建细胞的结构成分，还是构成细胞内干物质的主要成分。此外，蛋白质还参与几乎所有的细胞功能。蛋白质由20多种不同的氨基酸构成。在每种类型的蛋白质中，氨基酸具有特定的顺序，被称为氨基酸序列。

每个蛋白质通常只形成一种稳定构象。蛋白质一旦进化到稳定构象并带有有用特性时，它的结构可以随着时间推移而稍作修饰并使之具有新的功能。已有研究显示，人类DNA序列中只有大约2%为蛋白编码序列，然而大约80%的DNA序列被转录成RNA。这些序列的功能仍然未能被完全揭示。

1972年，日本遗传学家大野乾提出了“垃圾”DNA（“junk”DNA）概念，用来描述基因组中不能够编码蛋白质的DNA序列。21世纪初期，完成的人类基因组“天书”解读发现人类编码蛋白的基因总数不超过25000，这些DNA只占基因组的1%～1.5%，再除去3%左右的调控元件DNA，剩余的95%以上的DNA序列是没有任何功能的“垃圾”DNA。

科学家发现，一部分“垃圾DNA”中含有能够调节基因的DNA，可以决定何时及如何激活或关停基因。它们还可以作为转录因子与DNA结合的场所，对转录过程进行调节。

在科学家将蛋白质编码基因的估计数量削减到大约20500个的15年后，Flagship Pioneering新成立的ProFound Therapeutics公司表示，可能还有数万个。这个新的存储库是通过对参与翻译的潜在蛋白质的研究发现的。新蛋白质的发现有效地使已知储存库增加了一倍以上，并为潜在的治疗靶点开辟了新的探索领域。

关于蛋白质的教条规则指什么？

解析一个蛋白质的结构通常从它的氨基酸序列入手，这可以通过多种方法来完成。许多年来，蛋白质测序可以通过直接分析纯化的蛋白质中的氨基酸来完成；第一个测序完成的蛋白质是胰岛素，它的序列于1955年公布。

如今，通过测定编码蛋白质的基因序列，我们能够很容易地间接确定蛋白质的序列。一旦确定编码某种蛋白质的DNA序列，就可以利用遗传密码将其翻译为氨基酸序列。迄今，研究人员已经用这种方法确定了数百万种蛋白质的氨基酸序列。

Kahvejian说，“这是从一个基因中获得一个转录本对应的一个蛋白质这一教条的扩展。在某些方面，这是对我们已知教条的改变，我们只有2万个蛋白质编码基因和它们的变体。我们确实认为这是一个意义深远的工作领域，但不一定是我们的专属领域，而是整个社会都会感兴趣并从中受益的领域。”

Kahvejian说，“这主要是人们用来筛选基因组来预测哪些可能是蛋白质编码基因，哪些不是蛋白质编码基因的规则。我们认为，这些规则一开始就太过束缚，也有点太过刻板。”

新的蛋白质是如何发现的？

目前，科学家们用两种主要的方法来确定蛋白质精确的三维构象。一种是通过X射线晶体学，另一种是通过核磁共振（NMR）光谱学。目前我们已经获得超过20000个蛋白的三维结构。这些结构被存档在大型的公共数据库中，供大家使用。

世纪之交的人类基因组计划（Human Genome Project）揭示了2万个蛋白质编码基因，几年后，人们发现基因之间的区域可能在产生RNA方面发挥积极作用。

国际著名的三大蛋白质数据库有UniProt数据库、The Human Protein Atlas数据库、PhosphoSitePlus数据库。

这一发现是ProFound及其领导采用新方法重新思考蛋白质编码基因的确切定义以及蛋白质在基因组中是如何编码的结果。在一次采访中，Kahvejian表示，为了识别更多的蛋白质，ProFound不得不放弃一些发现蛋白质的常规规则。

ProFound转而专注于翻译组，这是一个被忽视的RNA转录中心，因为人们认为这些转录本不会产生蛋白质。但使用蛋白质检测技术，ProFound能够证实这些转录本是一大批尚未发现的新蛋白质的来源。

Kahvejian说，“如果你以这种方式观察蛋白质组，你会突然发现比仅仅通过尝试寻找蛋白质部分并使用相关技术来观察的蛋白质组要多得多。”

这些新发现将带来哪些价值？

就像其他药物研发公司将蛋白质开发为治疗药物一样，如治疗糖尿病的胰岛素，Flagship公司最新成立的ProFound therapeutics也是希望利用这一新的蛋白质宝库，用于治疗从罕见病、癌症到免疫系统疾病等各种疾病。

Kahvejian表示，“有点类似于基因组计划之后发生的事情，每个人看到这些东西，都说，‘它可能是垃圾DNA，可能涉及细胞调控。我们不知道这些东西有什么用，但它们不编码蛋白质。’”

这家生命科学巨头Flagship公司提出问题，一些RNA是否真的可以转化为蛋白质，答案是肯定的。

Kahvejian说，除了探索这些蛋白质本身是否可以用作治疗，ProFound还将测试这些蛋白质是否对小分子、抗体、核酸药物、mRNA和基因治疗有影响。

由于这些发现，该公司可能坐拥大量新的治疗选择；Kahvejian称之为“丰饶之角”。自然，这为ProFound的业务发展开辟了许多途径，包括基于这些蛋白质构建自己的治疗管线。

Kahvenjian并未明确公司的发展方向。他说，他不知道公司最初将开发什么治疗领域和模式。但他指出，通过这些蛋白质可能会发现新的癌症靶点。考虑到潜在治疗途径，该公司还开始与Flagship旗下以外的其他公司建立潜在合作关系。

Kahvejian说，公司已经在开展临床前的工作。例如通过建立啮齿动物模型，用以评估其中一些蛋白质的生物学特性，但他并未透露是哪些蛋白质。

参考资料：

https://www.fiercebiotech.com/biotech/profound-therapeutics-flagships-latest-project-unveils-75m-build-therapies-using-trove-new
https://endpts.com/flagships-latest-biotech-could-turn-some-of-the-thousands-of-new-proteins-it-discovered-into-therapies-and-it-has-75m-to-start/
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